アプリケーション画面を最小化すると、もじコピ！がタスクバーから消えてしまう。

「最小化時にタスクトレイ格納」の設定が有効になっているためです。
アプリケーション画面上部の「最小化時にタスクトレイ格納」のチェックボックスにて、有効/無効の切り替えが可能です。

また、もじコピ！がタスクトレイに格納された場合は、以下の手順で画面の再表示が可能です。

１．タスクバー右端の三角マークをクリックする
２．もじコピ！のアイコンをダブルクリックする、または右クリックし「表示」を選択する

また、もじコピ！のテキストスキャン（文字認識）はアプリケーション画面上の「テキストスキャン」ボタンをクリックする方法と、ショートカットキー（Ctrl + Shift + M）を用いる方法があります。
ショートカットキーを用いることで、アプリケーション画面を都度表示する必要なく、テキストスキャンを実行することができます。

もじコピ！の基本的な操作方法に関してはこちらをご覧ください。